Sejak tahun 1954, resmi berdiri GPIB (Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat) dengan nama Jemaat GPIB Balikpapan yang berpedoman pada Tata Gereja yang ditetapkan oleh Majelis Sinode GPIB di Jakarta selaku Pusat Pimpinan Organisasi. Dengan pesatnya pertambahan anggota jemaat yang mendiami seluruh wilayah Kota Balikpapan ( 9 Sektor Pelayanan ) sudah menimbulkan kesulitan jangkauan pelayanan yang memadai bagi warga jemaat.

Pada hari Minggu Paskah 30 Maret 1986 Jemaat GPIB Balikpapan dimekarkan dan dilembagakan menjadi 4 (empat) Jemaat dewasa dalam satu ibadah terpadu di gedung gereja Maranatha oleh Ketua dan Sekretaris Majelis Sinode, Pendeta B.W. Simauw, S.Th dan Pendeta C. Wairata, S.Th,- yaitu :

  1. Jemaat GPIB Maranatha
  2. Jemaat GPIB Pniel
  3. Jemaat GPIB Bukit Sion
  4. Jemaat GPIB Sepinggan (Syaloom)

Jemaat GPIB Pniel Balikpapan mempunyai 2 (dua) gedung gereja, yakni ”Pniel” di Jl. Gereja No. 28 Prapatan dan ”Immanuel” (semi permanen) di Jl. Jend. Sudirman, Klandasan Ilir.

Pada tahun 1987 gedung gereja Immanuel diambil-alih (dibongkar) oleh Kodam-IX Mulawarman, atas persetujuan Majelis Sinode GPIB di Jakarta. Pada tahun 1993 Pemerintah Kotamadya Balikpapan memberikan tanah bekas kuburan Kristen di Gunung Meratus untuk tempat mendirikan gedung gereja yang baru.

Dengan semangat gotong-royong warga jemaat, kerangka-kerangka jenazah, dipindahkan massal di Kuburan Kristen KM 2,5, Jl. Soekarno-Hatta. Panitia Pelaksana Pembangunan segera dibentuk dan langsung bekerja membangun gedung gereja permanen, selesai awal tahun 1995.

Pada hari Minggu, 30 April 1995 diadakan upacara Peresmian oleh Walikota Balikpapan, H. Cucup Suparna serta Ibadah Pentahbisan gedung gereja “Immanuel”, Jl. Milono No. 38 RT 40 Gunung Sari Ilir oleh Pendeta O. E. Ch. Wuwungan, D.Th selaku Ketua Umum Majelis Sinode GPIB yang menyerahkan pengelolaannya kepada jemaat GPIB Pniel Balikpapan. Pada tahun 1999, warga jemaat GPIB Pniel Balikpapan berjumlah 450 KK terdaftar yang terbagi dalam 6 Sektor Pelayanan. Sektor-V = 88 KK, Sektor-VI = 128 KK, jumlah 216 KK dengan 810 jiwa.

Berpedoman pada Peraturan GPIB nomor 10 tentang Pendewasaan dan Pelembagaan Jemaat, yang mengatur persyaratan pendewasaan dan pelembagaan jemaat antara lain satu Jemaat yang telah mempunyai 400 KK dapat dimekarkan dan dilembagakan menjadi 2 (dua) Jemaat dewasa.

Medio Maret 1999, melalui Majelis Jemaat GPIB Pniel Balikpapan dibentuklah Panitia Persiapan Pendewasaan dan Pelembagaan Sektor Pelayanan V dan VI GPIB Pniel Balikpapan yang diketuai oleh Penatua J.M.D. Rompas dengan Surat Keputusan Majelis Sinode GPIB no.:4162/99/MS.XVI/Kpts tanggal 30 Maret 1999. Sementara itu, kondisi gedung gereja Pniel sudah rusak parah dibangun tahun 1949 (50 tahun) sehingga perlu direnovasi total oleh Panitia Pelaksana Pembangunan yang mulai bekerja medio Oktober 1997 selesai rampung Agustus 1999.

Selama pengerjaan renovasi, Ibadah Minggu, dll disatukan di Gedung Gereja Immanuel. Upacara Peresmian dan Pentahbisan gedung gereja Pniel dilaksanakan pada hari Minggu, 10 Oktober 2009 pukul 09.00 wita oleh Walikota, H. Cucup Suparna dan Ketua Umum Majelis Sinode GPIB, Pendeta O.E.Ch. Wuwungan, D.Th dengan Surat Keputusan Majelis Sinode GPIB no.:4737/99/MS.XVI/Kpts tanggal 20 September 1999, menetapkan bahwa terhitung mulai tanggal 10 Oktober 1999, melembagakan Sektor Pelayanan V dan VI Jemaat GPIB Pniel Balikpapan menjadi Jemaat GPIB ke-238 dengan nama Jemaat GPIB ”Immanuel” Balikpapan.

Ibadah Pelembagaan Jemaat GPIB Immanuel Balikpapan dilaksanakan pada hari Minggu, 10 Oktober 1999 pukul 18.00 wita di gedung gereja Immanuel oleh Ketua Umum Majelis Sinode GPIB, Pendeta O.E.Ch. Wuwungan, D.Th. Pada saat itu, Pendeta yang ditempatkan oleh Majelis Sinode GPIB selaku Ketua Majelis Jemaat belum ada, sehingga Pimpinan sehari-hari dilaksanakan oleh Pelaksana Harian Majelis Jemaat, sesuai Surat Keputusan Majelis Sinode GPIB no.: 4738/99/MS-XVI/Kpts tanggal 20 September 1999.

Ketua Majelis Jemaat GPIB Jemaat Immanuel Balikpapan adalah sebagai berikut :

  1. Pdt. Adrian Philips Kawilarang, S.Th tahun 1999-2002
  2. Pdt. Ny. Ekklesia Christi Sondak-Magany, S. Th tahun 2002-2008
  3. Pdt. Ny. Widyati Simangunsong-Sudarisman, M.Min tahun 2008-2011
  4. Pdt. Marthen Leiwakabessy, S.Th. Juli 2011- 6 september 2015
  5. Pdt. Ny. Febry Parimo-Rampengan, S.Th. 6 september 2015 – 1 Juli 2019
  6. Pdt. Ny. Yanadelle Hehanussa – Sahetapy, S.Th. 1 Juli 2019 – sekarang.