Majelis Sinode adalah pimpinan GPIB, pemegang dan pelaksana amanat Persidangan Sinode GPIB, pimpinan administratif dan pengelola sinodal yang dalam tugasnya bersifat kolektif kesejawatan. Fungsionaris Majelis Sinode GPIB dipilih oleh dan di dalam Persidangan Sinode GPIB. Majelis Sinode GPIB berkedudukan di Jakarta. Telah terpilih dalam Persidangan Sinode yang ke XX di Balikpapan – Kalimantan Timur Fungsionaris Majelis Sinode XX, sebagai berikut:

Juga telah terpilih para anggota BPPG, sebagai berikut:Masa kerja Majelis Sinode GPIB adalah 5 tahun yang berlangsung dari Persidangan Sinode GPIB sampai Persidangan Sinode GPIB berikutnya. Dalam jabatan apapun, setiap anggota Majelis Sinode GPIB hanya dapat dipilih untuk dua periode masa tugas. Majelis Sinode GPIB mempertanggungjawabkan segala tugas, wewenang, dan kebijakan-kebijakannya kepada Persidangan Sinode GPIB yang dihadiri oleh para utusan Presbiter Jemaat-jemaat GPIB, Badan Pelaksana Mupel GPIB dan Badan Pembantu GPIB.